1940年后历任云南大学、重庆中央大学、南京大学等校历史系教授。其间,曾创办《伊斯兰》,主编《月华》、《云南清真铎报》等杂志,同时深入乡村了解回族风俗民情,探讨研究回族发展历史。
1942年,白寿彝开设的课程有中国上古史、中外交通史、中国史学史。这几门课程对白寿彝来说,都是新开的课程。他一边学习,一边讲授,都能胜任愉快。
1942年,白寿彝在重庆中央大学历史系讲学,开设春秋战国史和伊斯兰文化等课程。出版了《中国回教小史》和《咸同滇变见闻录》。《中国回教小史》是白寿彝所写公开发表的回教史的第一种本子,字数不多,但反映了中国回教发展的整个过程,也是一本有开拓性的著作。

四、内战时期
1946年,白寿彝在昆明五华书院演讲《中国历史体裁的演变》。《中国伊斯兰史纲要》是在《中国回教小史》的基础上加以提高。它不只是一本伊斯兰教史,从书中论述的各主要内容来说,并且是一部中国回族史。
全书采取教材的形式,反映白寿彝对历史教育的重视和把历史知识交给更多群众的思想。本书有法文译本。在五华书院的讲演破史书体裁风俗,另立新意,是白寿彝第一次公开发表的关于史学史方面的意见。讲词见《文讯》月刊1946年新10号。
1947年,白寿彝在苏州协助顾颉刚主持文通书局编译所编务。停刊已久的《文讯》月刊已于1946年1月复刊。文通书局编译所有一个初步设想的出版计划,包含世界文学名著、文学丛书、医学丛书,少年儿童文库。计划因各种原因未能完全实现,但也出了一些好书。
1948年,在中央大学讲授中国通史。中央大学已由重庆迁回南京。同年,白寿彝编辑的《中国伊斯兰史纲要参考资料》和校点的《天方典礼择要解》出版。白寿彝在《月华》发表了《纯真篇义证》。中央大学为中国通史开五个班的课。
白寿彝最初用缪凤林的《中国史要略》为教材,后来改用自己编写的讲稿。“义证”是《古兰经》的一个篇名。先生对本篇经文各种汉文译解加以评论,主张以经译经,以经解经,不要揣测。
1949年7月,白寿彝同郭沫若、范文澜等创办了新中国史学会,并于同年受聘于北京师范大学,任历史系教授。新中国成立后,被聘为中国科学院专门委员,与侯外庐等筹建中国科学院历史研究二所并兼任研究员。同时创办了《光明日报》的《历史教学》半月刊,与刘大年等发起创办了《历史研究》杂志。
1949年,中华人民共和国成立,白寿彝到北京师范大学历史系讲学,兼在地理系授课,用叶蠖生写的初中历史课本,课文简要而讲解详实,教学效果很好。
五、建国初期
建国初期,白寿彝参加了由中国史学会主编的《中国近代史资料丛刊》的总编辑工作,并亲自编了《丛刊》等4种《回民起义》(全四册,1952年由上海神州国光社出版),是回族史学研究工作者必不可少的一部大型工具书。
1951年,出版了《回回民族的新生》。本书从历史上说明解放前后回族政治地位之重大变化。在《光明日报》创办了《历史教学》半月刊,发表了《论爱国主义思想教育和少数民族的结合》。
同年,发表了《爱国主义与历史教学》, 《开展历史教学中的爱国主义思想教育》,《论关于少数民族历史和社会情况的宣传与学习》。同年,发表了《论历史上祖国国土问题的处理》。这是白寿彝提出来的新问题,对当时史学界很有影响。
1952年他与郭沫若等一起参加了中国科学院历史研究所的筹建工作,担任研究员。
1952年,为适应调整院校后课程改革的需要,白寿彝组织青年教师成立中国史教学小组,集体编写教材,分头到各系讲课,解决了六个系的历史教学的共同任务,也帮助了本系青年教师的成长。

同年,出版了《回民起义》。全书共4册,云南和西北各2册。云南部分是对《咸同滇变见闻录》的充实。西北部分是重新搜辑的。
1958年宁夏回族自治区成立前夕,他主持编写了《回回民族的历史和现状》,是新中国成立以后第一部全面介绍回族历史和情况的著作。
1960年,白寿彝发表了《关于回族史的几个问题》。本文谈了回族史上的四个问题和回族史工作问题。在谈到回族来源时,白寿彝认为回族来源有多种不同的国外族源,但形成民族是在中国境内。这还是新的说法,而比较符合历史实际。同年,白寿彝还发表了《马端临的史学思想》。
1961年,高教部文科教材会议决定把编写高等学校中国史学史教本的任务交给北京师范大学和上海华东师大,由白寿彝和吴泽承担。
先生开始考虑编写中国史学史的计划,并开始编印专门刊物《史学史资料》。《史学史资料》原为内部刊物,后改为《史学史研究》公开发表。
六、文革时期
1971年起,在毛主席和周总理的关怀下,开始主持《二十四史》的点校工作。
自1975年起,白教授约请全国数百位史学界、考古界、科技界共500多位的专家和学者,风风雨雨,辛勤耕耘,历时二十三个春秋,于1998年底全部完成《中国通史》的编撰工作。
这部大通史共12卷22册,约1400万字,上起远古时代,下迄中华人民共和国成立。它不仅规模宏大,而且在历史理论、史书体裁、编撰内容上都有创新。白寿彝总主编的《中国通史》被学术界称誉为“二十世纪中国史学的压轴之作”。
多卷本《中国通史》对于推动中国史学发展的重大意义,首先就在于它是集中了一代人智慧而成的巨著。王毓铨先生为《中国通史》的完成写有两句贺诗:“积一代之智慧,备百世之长编”。
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