明初中枢职官沿袭元制。洪武十三年(公元1380年)废中书省,并规定不再设丞相,由皇帝亲理国政。但由于政务繁忙,便由翰林院官员加殿阁大学士衔草拟诏谕。成祖时,命翰林院编修、检讨等人值文阁,参预机务,处理六部政务,称为内阁。仁宗以后,内阁权位渐高,人阁大学士们也多是元老旧臣,号称“辅臣”。
而首席大学士则称“元辅”或“首辅”,主持内阁大政,成为事实上的宰相,俗称“阁老”。大学士兼六部尚书者被尊称为“阁部”。明代,以大学士为首领的内阁仍带有皇帝私人秘书的性质,其主要权力是“票拟”,即根据皇帝旨意草拟诏令,经皇帝批准后再交六部办理。

但自明代中后期以后,宦官开始专政,宦官机构司礼监的秉笔太监也可草拟诏令,并代皇帝用朱笔批示奏章,称为“批红”。此后,内阁辅臣们又往往要听命于司礼监秉笔太监,宰相的实权实际上又操于太监之手。
清代中枢职官仿明朝,也实行内阁制。清人关前的内三院(内国史院、内秘书院、内弘文院)已设大学士、学士等,并参预机要。顺治十五年(公元1658年)改内三院为内阁,设大学士,加殿阁衔,参预军国大事。而各部奏章及皇帝诏令的下达,皆要经由内阁。至雍正时,大学土的官位已提升到正一品,为文臣的最高职衔。但自雍正间军机处成立后,内阁的许多职权却被军机处所取代。
军机处正式成立于雍正十年(公元1732年),原是为西北用兵而设,后遂扩大为参预全部军国大政,并一直保留下来。军机处设军机大臣,称为“军机处行走”、“军机大臣上行走”,资历浅者称“军机大臣上学习行走”,多由特选的大学士、尚书、侍郎等官充任。
其下设“章京”,俗称“小军机”,具体负责文书处理及拟旨等工作。军机处虽不是正式官署,但日夜有人值班,皇帝的命令也可由军机处而直接下达到各地督抚,称为“廷寄”。这样,军机处已成为处理全国军政大事的常设核心机构,内阁反倒被冷落了。而自此以后,大学士不兼军机大臣,也不再被视为宰相。
明清两朝的中枢职官,总起来说,是以内阁制为主,即使是清雍正以后所设的军机处,其军机大臣不少也由大学士充任。而在行政机构方面,明清两朝所实行的却仍是六部制,虽然其具体的机构已有所增减。
明代以六部尚书、都察院都御史、通政使司和大理寺卿为“九卿”。六部直接向皇帝负责,六部长官的地位和品级都有明显提高。通政使司设于洪武十年(公元1377年),其长官为通政使,是一个下情上达的机构。因为通政使可以直接向皇帝呈报,故其地位很重要。明代大理寺主要负责对重大案件的复核,遇有重大案件往往要由大理寺、刑部,都察院共同审理,称为三司会审,俗称“三堂会审”。
清代中央行政部门的设置基本同于明朝,除六部外,仍有“五寺”、“三监”等。五寺即大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。唐代“九寺”中的其余四寺,宗正寺明清已改称宗人府,长官为宗人令,位在六部尚书之上。司农寺、太府寺并人户部,卫尉寺不设。二监即国子监和钦天监。

其中钦天监为明清新设,掌天文历法,以监正、监副为其长官。明清还继金而设置太医院,掌皇帝及后妃医药,其长官称院使。清代还新设理藩院,专管蒙古、西藏、新疆等地的少数民族事务,以尚书、侍郎为正副长官。清代对六部、都察院、通政使司、大理寺也有“大九卿”之称,即所谓“六部都通大”。清末改官制,于宣统三年(公元1911年)四月宣布成立责任内阁,下设外务、民政、度支、学务、陆军、海军、司法、农工商、邮政、理藩等十部,每部长官都称为国务大臣,其首领为总理大臣(1人)和协理大臣(1~2人)。
明清的最高监察机关都是都察院,并以左、右都御史和左、右副都御史为其正副长官。只是清代自乾隆十三年以后,右都御史和右副都御史已不设,例为总督和巡抚兼衔。都察院掌管内外监察,纠举不法,并依当时的行省,划分全国为若干道监察区,设监察御史以监察各地。
明代按十三行省分全国为十三道,置监察御史110人,并开始建立御史出巡地方制度,称为巡按御史,俗称“八府巡按”。有时地方上发生重大纠纷难以排解,则派带“都御史”衔的都察院官员去处理,这些官员往往可兼管一省或数省大权。
其中兼管一省行政、民政者称巡抚,兼管数省军、政、财权者为总督。他们都隶属于都察院。此外,明代的监察机构还有六科给事中,专门负责稽查六部及其他中央机构的官员。清代都察院设十五道监察御史,其中以河南、江南、浙江、山东、山西、陕西六道为掌印道,其余各道皆附于六道之中。光绪三十二年,随着行省的加多,监察区又增至二十道。
此外,清代都察院还设有宗室御史处,掌稽查宗人府事务;设稽查内务府御史处,掌稽査内务府事务;设五城察院,分派御史巡城,掌京师中、东、西、南、北五城的地方治安。明代的六科给事中到清代也并人都察院,其职掌是稽查在京各衙门的公事。
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