文渊阁《四库全书》贮阁之后,在制定并实行相对严格的典藏和管理措施的同时,还先后经历了两次大规模的覆校以及补遗工作。
乾隆五十二年(1787年)五月,乾隆帝驻跸避暑山庄,偶然翻阅文津阁《四库全书》,发现“其中讹谬甚多”,遂下令覆校内廷四阁全书。
文渊阁《四库全书》因与文源阁《四库全书》同在京城,故其覆校工作率先开始。乾隆帝专下谕令,由在朝官员承担两阁全书的覆校工作,“除年老大学士嵇璜不派外,着派科甲出身之尚书、侍郎、京堂以及翰、詹、科、道部属等官,分司校阅。
其尚书、侍郎管理事务繁多者,每日每人着各看书一匣;六阿哥、八阿哥及事简之堂官,各看书二匣;京堂、翰、詹、科、道部属等官,每人每日各看书二匣。再,六部司员中,并着该堂官每司各派出一人,每日各看书二匣。”参与这项工作的大小各员不下二百余人,而《四库全书》纂修这项大规模的文化工程,也得以画上一个完满的句号。

近代以来,清朝统治由盛转衰,列强入侵,战乱频仍,统治者穷于应付“千百年来未有之大变局”,再也无心典籍,文渊阁《四库全书》便一直深宫扃藏,处于无人过问的境地。
经历了一百多年的风风雨雨,文渊阁《四库全书》幸得以保存下来。辛亥革命以后,清皇室尚居宫中,文渊阁书籍仍属内务府管辖。
1917年春,内务府大臣绍英、世续、耆龄等因时移世易,恐文渊阁书籍有所遗失,便派遣堂主事汉章、堂掌稿笔帖式晋昌、锡泉、锡彬等人,按照原目、原函、原卷,对文渊阁《四库全书》进行全面清查,前后历时两月,方始毕事。
检查结果发现,经、子、集三部各有缺书、缺卷现象,其中经部缺《四书大全》十卷,子部缺《天经或问前集》四卷、《天步真原》一卷、《天学会通》一卷、《邓子》一卷、《公孙龙子》三卷、《鬼谷子》一卷、《关尹子》一卷,集部缺《李太白集注》一卷,总计二十三卷。
内务府大臣当即委派堂笔帖式广仁、广龄、裕宽、裕荫等人,按照文津阁《四库全书》原本补抄齐全,经校勘无误后,照式装潢,安置于原缺架槅之上。

为便于掌握文渊阁《四库全书》装函排架及书目、卷数情形,主管人员还将此次检查结果,参照《四库全书总目》及《四库全书排架图》,编成《清查四库全书架槅函卷考》四册,装成一函,存放于文渊阁内,作为今后利用或校阅阁书的参考书目。
1924年底,清皇室迁出故宫,文渊阁《四库全书》暂归清室善后委员会接管。次年十月,故宫博物院成立,下分古物、图书两馆,阁书遂正式交由故宫博物院图书馆保存。1930年,图书馆组织有关人员,再次根据《四库全书总目》,对文渊阁《四库全书》进行清点,统计阁书凡3459种,36078册,6144函,无缺失现象。
1931年,“九·一八”事变发生,日本帝国主义占领东北,华北局势也动荡不安。为防止国宝遭到破坏,故宫博物院图书馆于1933年将文渊阁《四库全书》全部装箱,运往上海。其后随着战争形势的变化,文渊阁《四库全书》又辗转迁往重庆、南京等地,最终运至台湾。此后一直珍藏在台湾故宫博物院。
如今,距清代乾隆四十年(1775年)建阁已整整231年,距乾隆四十七年(1782年)第一部《四库全书》纂成贮阁也已经过去了224年。其间时代风云诸多变化,人间世事几度沧桑。尽管由于历史的原因,造成今日书与阁天各一方,相互分离的状况,但令人欣慰的是,无论是位于北京故宫的文渊阁,抑或收藏于台湾故宫博物院的《四库全书》,都得到了很好的保护。

特别是台湾商务印书馆于1986年影印出版文渊阁《四库全书》之后,这部当年深藏宫廷禁地的“中秘书籍”,已然化身千百,广泛传播,海峡两岸也由此而掀起了“四库热”,与之相关的各部大型丛书,如《四库全书存目丛书》(齐鲁书社、台湾庄严文化事业有限公司,1997年)、《四库全书存目丛书补编》(齐鲁书社,2001年)、《四库禁毁书丛刊》(北京出版社,2000年)、《四库未收书辑刊》(北京出版社,2000年)、《续修四库全书》(上海古籍出版社,2002年)相继整理出版。
并且,同样历经时代变迁而幸得以保存下来的文津阁《四库全书》,也由北京商务印书馆于2005年影印出版。同时,江浙三阁中唯一幸存的文澜阁《四库全书》,也在整理出版运作过程中。而海峡两岸“四库学”研究的深入开展,更是为方兴未艾的“四库热”锦上添花。可以肯定,作为中国古代文明的重要载体,以文渊阁《四库全书》为代表的大型古籍丛书,已经并且必将继续为学术研究的开展以及传统文化的赓续,发挥日益重要的作用。
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